Con la Pentecoste, la Chiesa iniziò la sua presenza in Terra Santa. All'inizio la prima comunità era unica e indivisa. Ciò è chiaramente attestato dagli Atti degli Apostoli, (cfr. At 8,1.4; 9,31). Lungo i primi quattro secoli e mezzo, la Chiesa di Gerusalemme non conobbe alcuna controversia dottrinale. Il vescovo di Gerusalemme aveva autorità su tutti i cristiani, sia locali sia di provenienza esterna.

Divisioni
La questione cristologica, particolarmente viva nel V secolo, riguardava l'identità di Cristo in quanto unico vero Dio e vero uomo. I concili ecumenici di Efeso (431) e di Calcedonia (451) condannarono rispettivamente le affermazioni di Nestorio e quelle di Eutiche, ritenendole non conformi a esprimere il mistero dell'unità e dell'integrità di Cristo. La posizione conciliare si esprimeva invece con la formula: Gesù è vero Dio e vero uomo, una sola persona in due nature. Le Chiese particolari che non accettarono tali espressioni furono considerate scismatiche. Queste si organizzarono in modo indipendente. Esse sono: la Chiesa nestoriana e le Chiese chiamate monofisite, cioè la siro-occidentale, l'armena e la copta, alle quali si uniranno poi le Chiese etiopica e indiana siro-malankarese.
La Chiesa originaria di Gerusalemme rimase fedele alla dottrina dei concili cristologici. Gerusalemme però subì in vari modi le ripercussioni delle separazioni delle altre Chiese, sia per l'afflusso di pellegrini che per lo stabilirsi di monasteri monofisiti.

Le crociate
Il movimento delle crociate (XII-XIII secolo) fu motivato dalla volontà di rendere libero ai cristiani l'accesso ai luoghi santi e di sollevare le popolazioni cristiane locali dall'oppressione dei turchi selgiucidi. Un tale fenomeno, condusse alla costituzione di una gerarchia cattolica a Gerusalemme e in Terra Santa, oltre che nelle regioni circostanti. In tali circostanze nel 1099 fu eretto il Patriarcato latino di Gerusalemme, che durò fino al 1291, anno del ritiro definitivo dei crociati. Per i sei secoli seguenti fu sede titolare di vescovi che risiedevano in Europa. Nel 1847 fu restaurato e perdura a tutt'oggi.
A partire dalle crociate, la Chiesa cattolica ebbe un influsso sempre più intenso e una presenza sempre più numerosa nella regione. Furono soprattutto i francescani, arrivati in Terra Santa fin dal XIII secolo, a instaurare, organizzare e potenziare comunità cattoliche in vari centri, oltre che fondare ospizi per i pellegrini. Nel 1336 si insediarono in modo stabile a Gerusalemme e nel 1342 il papa Clemente VI affidò loro la Custodia di Terra Santa. Essi diedero un contributo e un impulso fondamentale alla crescita della Chiesa cattolica di rito latino nel territorio. Per merito loro, si diffusero poi nel mondo cattolico due devozioni care al popolo cristiano: il pio esercizio della Via Crucis, con le caratteristiche quattordici stazioni, e la novena paraliturgica in preparazione al Santo Natale.

Le Chiese orientali
A partire dal XIII secolo altri ordini religiosi latini fondarono comunità in Terra Santa e in tutta la regione del Medio Oriente. Contemporaneamente si verificò, all'interno di tutte le Chiese antico-orientali e anche della Chiesa greca ortodossa, un fenomeno di avvicinamento alla Chiesa cattolica da parte di alcuni vescovi. Ciò condusse progressivamente alla formazione di Chiese orientali cattoliche, la cui costituzione avvenne sulla base di due principi: accettazione dell'autorità del papa quale pastore supremo dell'unica Chiesa di Cristo e conservazione del rito (liturgia, spiritualità, teologia) della Chiesa d'origine.
In Medio Oriente sorsero così cinque chiese orientali cattoliche: la caldea nel 1552, derivata dalla Chiesa assira; la greco-cattolica nel 1724 comprendente ex-ortodossi dei patriarcati di Antiochia, Alessandria e Gerusalemme; la armena cattolica nel 1740, la siro-cattolica nel 1773 e la copto-cattolica nel 1824. Nello stesso territorio prese a fiorire e a espandersi anche la Chiesa maronita, di provenienza dal Libano.

Situazione moderna
 A partire dal XIX secolo si verificò un forte movimento da parte degli anglicani e dei luterani verso la Terra Santa. Nel XX secolo altre Chiese protestanti minori si stabilirono in Terra Santa, ottenendo pochi adepti. Nel contempo molte congregazioni religiose maschili e femminili cattoliche (latine e orientali) s'impiantarono nella Terra di Gesù con grande fioritura di opere, istituzioni e servizi in numerosi campi, dando alla Chiesa cattolica un ampio sviluppo e una forte visibilità. Nello stesso periodo, le Chiese ortodosse conobbero un notevole sviluppo in istituzioni e opere. Un fenomeno nuovo in Israele è un minuscolo gruppo cattolico di "ebrei cristiani".
Le varie Chiese hanno cercato di appropriarsi dei numerosi luoghi santi. Tale questione è stata per secoli oggetto di contese tra comunità ecclesiali. La temporanea soluzione - conclusasi con il decreto del sultano turco nel 1757 - congelò la questione nella situazione in cui si trovano allora i luoghi santi. Tale firmano è conosciuto come status quo, perché stabilisce il mantenimento delle condizioni di fatto nel modo in cui si trovavano alla data del decreto.
 Si calcola che oggi la popolazione globale di Israele e Palestina si aggiri intorno agli undici milioni. Gli abitanti dello Stato di Israele sono 7.241.000, di cui 1.449.000 arabi. Gli abitanti della Cisgiordania (2.400.000) e di Gaza (1.450.000), tutti arabi, assommano a 3.850.000. In questo insieme la consistenza numerica globale dei membri delle varie Chiese cristiane si aggira intorno ai 200.000, di cui 135.000 in Israele e 65.000 nei Territori palestinesi. Tale numero inoltre non tiene conto dei cristiani di recente immigrazione da Stati dell'est dell'Europa in Israele, il cui status di cristiani o viene nascosto o non viene ufficialmente riconosciuto. Fonti ufficiose parlano di 250-300.000 persone. Le Chiese ortodosse e le Chiese cattoliche sono in parità, con lieve maggioranza dei cattolici. La comunione anglicana e le varie Chiese protestanti non superano insieme i 7-8.000 fedeli.
 La percentuale attuale dei cristiani in Terra Santa in rapporto a tutta la popolazione sfiora il 2% ed è in costante diminuzione da molti secoli. Agli inizi del XIX secolo la percentuale dei cristiani nella Palestina storica raggiungeva quasi il 10% della popolazione. L'esodo dei cristiani dalla regione continua. Le cause principali sono l'instabilità, le difficoltà politiche e sociali, il rinfocolarsi di fondamentalismi, una certa discriminazione pratica delle minoranze. Quanto alla ripartizione geografica la maggior parte dei cristiani si trova in Galilea e nella zona di Gerusalemme e dintorni. In Cisgiordania i maggiori agglomerati cristiani si trovano a Betlemme, un po' di meno nella zona di Ramàllah, a Gerico e a Naplusa. L'unico villaggio interamente cristiano in tutta la Terra Santa è Taybeh (di Giudea), nelle prossimità di Ramallah (altri tre villaggi interamente cristiani si trovano in Giordania: Semakìeh, Fuhèis e Shàtana).

TAVOLA CRONOLOGICA
30 A Gerusalemme nasce la prima comunità cristiana.
36-37 Martirio di Stefano e dispersione di una parte della comunità. Ad Antiochia di Siria, i discepoli di Gesù per la prima volta sono chiamati cristiani. Conversione di Paolo.
40-42 A Gerusalemme, martirio dell'apostolo Giacomo il Maggiore, fratello di Giovanni.
49 Giacomo il Minore, "fratello del Signore", a capo della comunità cristiana di Gerusalemme. 70 Distruzione del secondo Tempio ebraico da parte dei romani.
313 Editto dell'imperatore Costantino che dichiara lecita la religione cristiana.
325 Concilio ecumenico di Nicea e condanna di Ario.
330-634 Dominazione bizantina sulla Palestina.
381 Concilio ecumenico di Costantinopoli: afferma il primato d'onore di Costantinopoli fra le Chiese orientali.
431 Concilio di Efeso e condanna di Nestorio.
451 Concilio di Calcedonia e condanna di Eutiche.
614 Invasione dei persiani in Palestina.
628 Riconquista bizantina.
636-1099 Dominazione araba islamica sulla Palestina.
1054 Il grande scisma tra Bisanzio e Roma.
1099-1291 Regno crociato in Palestina.
1187 Le truppe di Saladino sconfiggono i crociati ai Corni di Hittin, in Galilea.
1217 S. Francesco d'Assisi erige la Provincia di Terra Santa
1260 S. Bonaventura ridisegna la Custodia di Terra Santa, limitandola a Palestina, Siria, Libano e Cipro.
1291-1517 Periodo mamelucco.
1517-1917 Periodo turco ottomano.
1757 Stesura del firmano imperiale che regola e fissa i rapporti tra le Chiese cristiane in cinque luoghi santi: la basilica della Natività a Betlemme; la basilica del Santo Sepolcro, il Deir El-Sultan, la cappella dell'Ascensione e la tomba di Maria a Gerusalemme.
1831-1840 La Francia ottiene dal sultano turco misure protettive a favore dei cattolici, la Russia a favore degli ortodossi, la Gran Bretagna a favore degli anglicani e la Prussia a favore dei protestanti (luterani).
1841 Arrivo degli anglicani e dei luterani in Terra Santa.
1847 Restaurazione del patriarcato latino di Gerusalemme.
1882 Fondazione delle prime colonie ebraiche in Palestina.
1917 La Gran Bretagna occupa la Palestina.
1947 L'ONU approva la spartizione della Palestina in due Stati, uno ebraico e uno arabo.
1948 Proclamazione dello Stato d'Israele. Prima guerra arabo-israeliana.
1956 Seconda guerra arabo-israeliana.
1964 Pellegrinaggio del papa Paolo VI in Terra Santa.
1967 Terzo conflitto arabo-israeliano.
1973 Quarta guerra arabo-israeliana.
1979 Pace tra Israele ed Egitto.
1987 Prima intifada nei Territori occupati.
1993 Accordi di Oslo tra Israele e i palestinesi.
1994 Relazioni diplomatiche tra Israele e Vaticano.
2000 "Accordo di base" tra Autorità nazionale palestinese e Vaticano.
2000 Pellegrinaggio del papa Giovanni Paolo II in Terra Santa. Seconda intifada.